Протипоказанням для очищення кишечника за допомогою клізм є: біль у животі нез'ясованого характеру, гострі запальні захворювання в області заднього проходу, кровотеча із прямої кишки, геморой у стадії загострення, пухлини прямої кишки, шлункова та кишкова кровотеча.7 сент. 2017 р.
Людям із порушеннями імунітету, спричиненими такими захворюваннями, як, наприклад, СНІД чи лейкемія, не можна робити клізму через ризик занести патогенні бактерії до кишечника. Імунна система може не впоратися із бактеріальною атакою. Людям із гемороєм чи випаданням прямої кишки. Збережена копія
Часте використання клізми може викликати звикання кишечника до частої стимуляції, внаслідок чого можуть виникнути проблеми з його випорожненням від калових мас. Ця процедура може порушити баланс корисної мікрофлори, що знаходиться в кишечнику через її змивання зі слизової оболонки, а також надмірне її пересушування.
Пацієнтам не рекомендуються очисні клізми та застосування проносних засобів.