Буданов був убитий у Москві у червні 2011 року чотирма пострілами в голову. До цього він був відомий у зв'язку зі звинуваченнями у вбивстві чеченки Ельзи Кунгаєвої і став єдиним старшим офіцером російської армії, засудженим за військові злочини в Чечні.
Новолужинський цвинтар Екс-полковнику надали військові почесті Відспівування Юрія Буданова пройшло у понеділок у хімкінському храмі св. Косми та Даміана. На церемонію прийшли кілька сотень людей. Після відспівування труна з тілом Буданова доставили на Новолужинський цвинтар, де він і був похований.
Відповідно до статті 48 КК РФ Юрія Буданова було позбавлено державної нагороди — ордена Мужності та військового звання «полковник». Буданов відбував покарання у 11-му загоні виправної установи ЮІ 78/3 у м. Димитровград Ульянівської області.