Як це було повне перезавантаження серії і не продовжував канон будь-яких попередніх ігор Ninja Gaiden, розробники могли чинити зі всесвітом і його персонажами так, як вони вважали за потрібне, і тому гру було реалізовано у всесвіті DOA, створивши Ninja Gaiden I, Dragon Sword і Ninja Gaiden II як приквели…
Історія випуску Ninja Gaiden у 2004 році та його продовження були встановлені як приквели до серії NES, і Дія відбувається в тому ж всесвіті, що й бойові ігри Team Ninja Dead or Alive і футуристична версія 21 століття.
Дрібниці. Слово «Гайден» японською мовою означає «побічна історія», хоча серія «Ніндзя Гайден» у той час була не є спінофом попередньої серії хоча зараз, з початком серіалу «Живий чи мертвий», можна стверджувати, що в цьому відношенні він став побічним сюжетом.
Після випуску назви Xbox 2004 Ninja Gaiden, серія Ninja Gaiden була оновлена, а оригінальні ігри були зайві в історії. У грі Аяне чотирнадцять років, Дія Ninja Gaiden розгортається за два роки до оригінальної «Живий чи мертвий»..
Оригінальні ігри Ninja Gaiden (1-3) були безпосередньо пов’язані. У ньому показано, як Рю Хябуса подорожує до США після того, як його батька вбили. Приблизно через 15 років Team Ninja випустила нову серію ігор Ninja Gaiden. Перший починається з нападу на клан Рю Хябуси та його вбивства.
Після того, як у 2004 році Ітагакі та команда ніндзя відродили Ninja Gaiden, вони почали пов’язувати його з Dead or Alive, розмістивши франшизи в одному всесвіті з персонажами та подіями, що збігаються.