Omega Ruby і Alpha Sapphire майже ідентичні; однак між ними є кілька відмінностей, які більші, ніж у більшості альтернативних версій. Найбільшою зміною між двома версіями є головна команда-антагоніст. У Pokemon Omega Ruby команда Magma буде основною командою, з якою ви зустрінетеся в Хоенні.
У Ruby/Sapphire ви повинні захопити або перемогти Groudon/Kyogre, де, як і в Emerald, ви повинні розбудити Rayquaza. Немає конкретної найкращої гри з них, вам вибирати, яку з них ви хочете. Поки Я віддаю перевагу Emerald, оскільки він дає мені шанс побачити, як Rayquaza зупиняє їх бій.
Основна історія обох ігор зосереджена навколо тієї самої передумови, лише з незначними змінами в тому, як вона розповідається. У Ruby лиходійська команда Magma прагне розбудити легендарного наземного покемона Гроудона, а в Sapphire команда Aqua прагне розбудити легендарного водного покемона Kyogre.
Місце дії та історія Omega Ruby та Alpha Sapphire здебільшого такі ж, як і в оригінальних іграх Ruby та Sapphire. Вони починаються, коли бачать, як гравець їде в вантажівці, що рухається.
Рубін символізує любов, пристрасть і чистоту. Хоча смарагд і сапфір вважаються «королівськими дорогоцінними каменями», останній також символізує вірність, а перший — надію.
Ближче до кінця епізоду Delta ви підніметеся на Небесну колону з іншим персонажем. У верхній частині з'явиться Rayquaza. Щоб продовжити історію, ви повинні її захопити.