Гриби, включно з грибами та цвіллю, не виробляють кисень шляхом фотосинтезу, як це роблять рослини. Натомість вони отримують енергію та поживні речовини шляхом розкладання та руйнування органічних речовин. У процесі вони можуть споживати кисень, а не виробляти його.
І живі, і мертві гриби в ґрунті складаються з вуглецю. Однак, як рослини і тварини, гриби дихають, що призводить до втрати вуглецю назад в атмосферу у вигляді вуглекислого газу.
Навпаки, більшість грибів використовують розгалужені дихальні ланцюги. Вони складаються з альтернативних NADH дегідрогеназ, які каталізують нечутливе до ротенону окислення матричного NADH або дозволяють використовувати цитоплазматичний NADH безпосередньо. Багато з них також містять альтернативну оксидазу, яка, ймовірно, приймає електрони безпосередньо від убіхінолу.
Зокрема, повітряно-крапельні гриби є більш поширеними, ніж повітряно-крапельні вірусні та бактеріальні патогени рослин через їх здатність вивільняти їх спори в повітря як збудники хвороб рослин.
Як тварини, гриби витягувати енергію, що зберігається в зв'язках органічних сполук, таких як цукор і білок, з живих або мертвих організмів. Багато з цих сполук також можна переробити для подальшого використання. Проте гриби розробили різноманітні стратегії для отримання органічних сполук (на основі вуглецю).