У Полтавській битві Меншиков знову відзначився – командував авангардом, потім – лівим флангом. Розгромивши загін Шліппенбаха і корпус Росса, він допоміг Петру обернути армію Карла XII втечу. Армію Меншиков зрештою наздогнав і біля переправи через Дніпро змусив капітулювати.
Під час Північної війни 1700-1721 рр. Меншиков командував великими силами піхоти та кавалерії, відзначився в облозі та штурмах фортець, у багатьох битвах. У 1703 р., діючи з Петром у гирлі Неви, здобув першу морську перемогу над шведами, за що був удостоєний ордена святого Андрія Первозванного.
Вирішують сухопутну битву між російськими та шведськими військами відбулося 27 червня 1709 р. при Полтава. Кавалерія під командуванням Меншикова відважно билася проти наступаючих шведів. За участь у Полтавській битві государ удостоїв Меншикова звання генерал-фельдмаршала.
Меншиков став першим генерал-губернатором Петербурга (з 1703 і, з невеликою перервою, до своєї опали в 1727), керував будівництвом міста, а також Кронштадта, корабельних верфей на річках Нева і Свір (Олонецька верф), Петровського і Повенецького гарматних заводів.