Елен був одним із спецагентів
найкращі друзі. Настільки близько, що Скаллі стала хрещеною матір’ю сина Еллен Трента.
Протягом 11 сезону Скаллі та Малдер шукають Вільяма. Скіннер дізнається про це від Курця людина, що курить, який є батьком Малдера, також штучно запліднив Скаллі, отже, також є батьком Вільяма. У третьому епізоді 11 сезону «Плюс один» Скаллі та Малдер знову інтимні.
Іноді все ставало настільки погано, що дві зірки довго не розмовляли один з одним. Напруга часто була високою, і Джилліан Андерсон навіть мала зриви під час зйомок «Секретних матеріалів». тим не менш, обидва актори зберегли високий рівень професіоналізму, незважаючи на напругу поза ефіром.
Усвідомлення Скаллі свого кохання до Малдера в 6 сезоні завершується першим поцілунком пари та канонічним зв’язком.
Коли він почав роботу над «Секретними матеріалами» приблизно в 1991 році, він був близький зі своїм теперішнім партнером; Діана Фоулі (5 сезон, 20 серія, Кінець). Жоден із них не залишався довгостроковим і стабільним. Найближчим другом Малдера була партнерка ФБР Дана Скаллі, якій змовники та керівництво ФБР доручили «розвінчати [його] роботу».
Скаллі розмірковує над словами Спендера і вирішує, що єдиний спосіб по-справжньому захистити Вільяма — це віддати його на усиновлення щоб він мав краще життя. Потім епізод переходить до Ван Де Кампсів, які приховують свого нового сина.